Malmin Palloseuran joukkueet on jaettu neljään eri jaokseen:

1. Naisjaos, johon kuuluvat kaikki tyttö- ja naisjoukkueet.
2. Nappulajaos, johon kuuluvat nuorimmat poikajoukkueet J6, I7, H8, G9, F10, ja E11.
3. Juniorijaos, johon kuuluvat poikajoukkueet D12, D13, C14, C15 ja B16.
4. Miesjaos, johon kuuluvat A-juniorit sekä miesjoukkueet.

Tavoitteena on, että jokaisella jaoksella on ainakin yksi edustaja seuran hallituksessa. Hän toimii jaoksensa puheenjohtajana/yhteyshenkilönä ja pitää yhteyttä jaoksensa joukkueiden sekä seuran hallituksen välillä. Syysvuosikokouksessa voidaan lisäksi valita jaokselle hallituksen ulkopuolinen puheenjohtaja/yhteyshenkilö, joka vastaa jaoksen toiminnasta yhdessä hallituksen keskuudestaan nimeämän hallituksen jäsenen kanssa.

Jaokset pitävät kokouksia säännöllisin väliajoin, vähintään neljä kertaa vuodessa. Tammikuun kokouksessa palautetaan seuran pakolliset lomakkeet, kevään kokouksessa käsitellään kesäkauden harjoituspaikat, syksyn kokouksessa talvikauden harjoituspaikat ja marras–joulukuussa jaetaan seuran pakolliset lomakkeet täytettäviksi.